江戸時代、平戸藩６万石余りを治めた平戸藩主松浦家は、 その出自が平安時代までさかのぼる大変古い歴史があります。 平家が滅亡した壇ノ浦合戦では水軍を率い平家方として参戦し、 鎌倉時代の蒙古襲来において防戦に参戦した史料があります。
江戸時代の平戸藩領は、平戸島をはじめとして、 おおよそ現在の佐世保市から北松浦半島、壱岐市、五島列島の一部をふくむ範囲です。 鎌倉・南北朝時代における松浦家は、平戸島北部と五島の小値賀（おじか）等を領する「海の武士団」松浦党（まつらとう）の一氏にすぎませんでしたが、室町時代の1400年代半ば頃より松浦党内部において勢力を伸ばし戦国大名となりました。これだけ勢力を伸張させることができた背景には、海外交易による経済的発展と鉄砲等の武器輸入が考えられています。
天正15年（1587）、豊臣秀吉の九州平定時に、 当時の領主松浦鎮信（法印：1549－1614）がその領地を認められました。 松浦家は文禄・慶長の役(壬辰・丁酉の倭乱）では、朝鮮半島に渡海し足掛け7年にわたる激戦に投入されました。
関が原の戦いにより天下人となった徳川家康により江戸幕府が開かれます。 豊臣氏との関係の深かった松浦家は、その動向を疑われたようです。 慶長18年（1613）には完成したばかりの居城(日の岳城：現在の平戸城同所）を 松浦鎮信(法印）自ら放火し焼き払いました。
しかし、徳川綱吉が5代将軍となってから状況が変化し、平戸藩主は幕府内で厚遇されました。将軍綱吉のもと、平戸藩４代藩主松浦鎮信（天祥：1623－1703）・5代藩主松浦棟（1646－1713）は幕府内部で登用され、特に5代藩主棟は外様大名ではじめてとなる江戸幕府の寺社奉行に任命されました。
江戸時代初期「鎖国」以前には、平戸オランダ商館・平戸イギリス商館を開設させるなど、松浦家は外交に通じた大名家でもありました。また、江戸時代後期の９代藩主静山（清）は「学芸大名」ともいわれ、当時一流の文化人として有名です。12代藩主松浦詮の時代に明治維新を迎えます。 これは、平安時代末期より当地域を治めた松浦家の歴史において大きな転換点となりました。